Pour un peu de précision car je gere un serveur web aussi :
Le CDR que je me suis imposé, etait de remplacer ISPConfig 3.1 par un truc plus solide en securité et aussi plus recent dans ses versions PHP.
- Connexion uniquement en SFTP par certificat pour les users (donc des clients)
- Chroot SSH dans leur home respectives avec un ou plusieurs sites (natif sshd.conf)
- Les clients sont proprios et Apache doit faire ce qu’il veut
Donc j’ai eu un peu prêt le même soucis que toi, car pour écraser un fichier en FTP ou SFTP, il te faut nécessairement des droits élevés qui sortent du cadre standard des groupes lorsqu’Apache est proprio et qui doivent être en chmod 755/644 en meme temps (dossier/fichier, ce qui n’est pas ton cas actuel).
Le pool php-fpm rentre parfaitement dans mon cas de figure, je te laisse a la documentation si je vois juste 
[edit HS] Aussi, après avoir lu et participer a ta précédente question, il me semble qu’un membre t’avait suggéré BindFS qui peut aussi te rendre service après avoir bougé ton /www dans /home. Je suis plutôt d’accord si cela reste provisoire, mais c’est une piste a creuser te concernant. Je peux être plus précis, si tu en a besoin, n’hésites pas.
Suite de l’aventure dans les droits :