Pour les dépôts Ubuntu, j’en utilise aussi certains mais dans des cas très limités ou les logiciels ne sont disponibles que par ce biais (à moins de vouloir les compiler depuis les sources).
Par contre je trouve plus logique de mettre dans /etc/apt/sources.list uniquement les dépôts officiels Debian.
Pour tous les autres dépôts, il me paraît plus opportun de créer un fichier sources.list par dépôt, sous le répertoire /etc/apt/sources.list.d/.
Pour ajouter les clefs de ces dépôts, voir l’excellent tutoriel de @PengouinPdt : Ajout d’une clé gpg.