Hello
Question N°1
Comment faire un scan automatique d’un ftp ?
C’est à dire. Dès que un fichier arrive sur le serveur il ce fait scanner ?
Une idée sur la manière de procéder ?
Question N°2 
Vu que les mises à jours ce font manuellement. Comment faire pour que sa soie automatique ?
Je suppose qu’il faudra chatouiller cron ?
Pour les mises à jour de Clamav il te demande la méthode que tu souhaites utiliser lors de son installation, un petit dpkg-reconfigure clamav-freshclam devrait t’afficher ça :
Configuration de clamav-freshclam
Méthode de mise à jour de la base de données des virus :
│
│ démon
│ ifup.d
│ cron
│ manuelle
Pour le scan je sais qu’avec Samba c’est dès qu’un fichier est balancé/demandé sur le serveur, pour le FTP je ne sais pas.