Debian 12 en LVM sur VM : anomalies après mise à niveau vers Debian 13

[Novice_debian]

Bonjour,

J’ai suivi le tutoriel de @Zargos (merci à lui encore ) pour une installation avancée en LVM de Debian 12 en VM (Tutoriel installation Debian avec iso netinst), à la différence près que j’ai mis à profit une image live-usb que j’avais déjà sous la main (au lieu d’une image net-install).
Tout se passe bien : Debian 12 installé et fonctionnel en LVM, je fais un peu de manipulation des LV pour faire de la place sur /var et / en vue de la mise à niveau vers Debian 13 (1er essai échoué faute de place suffisante sur /var puis un 2e aussi car / pas assez grand).

Fort des retours d’expérience de mes premiers essais de mise à niveau, je lance la migration sur cette VM : le processus se déroule et aboutit au bout de 1h30min environ, je redémarre la VM et j’obtiens la fenêtre GRUB correspondant à Debian 13 :

CEPENDANT (!), lors du chargement des composants de l’OS ensuite, je relève des erreurs (texte en cyan) :

Dans la session utilisateur, je constate plusieurs défauts :

• Les icônes de la barre des tâches non-fonctionnelles (visuels non disponibles + erreur au clic)
• L’absence de raccourcis d’applications dans le menu de démarrage

D’où ma question : qu’à-t-il pu se passer à la migration pour générer ces défauts et comment interpréter les signaux d’erreurs au chargement des composants ?

Merci d’avance pour vos éclairages.

Ci-dessous a titre d’info (si cela peut servir), une capture du résultat de lsblk -f dans la session après redémarrage.

[Zargos]

Bonjour,

Les captures d’écran n’aident pas à traiter toutes les info du démarrage se retrouvent dans les logs dmesg ou journalctl.

Attention, en cyan ça ne veut pas toujorus dire que ce sont des erreurs ici ce sont principalement des warning en fait.

La troisième image (après CEPENDANT), les messages sont des warning ou des informations (celles sur le power c’est que tes disques ne savent pas gérer la gestion de puissance relative à l’activité).
Donc celle-ci rien de grave.

Pour IBus il suffit de faire ce qui est dit dans la notification. C’est lié à l’évolution entre Debian 12 et 13. C’est juste de la configuration.

Pour le menu des applications, je ne sais pas répondre.

[Novice_debian]

Merci @Zargos pour ce retour.
Oui j’ai voulu faire vite avec les captures seules.
En faisant un export des logs (avec journalctl -b > export.txt) à partir du redémarrage, j’arrive à trouver des enregistrements de faits tels que (liste non exhaustive et possibles doublons venant des logs) :

déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 2339 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=775168)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 4533 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=23612)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 1480 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=68668)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 4511 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=40348)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 1905 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=59360)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 1483 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=16100)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 1776 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=22128)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: Clearing orphaned inode 1470 (uid=1000, gid=1000, mode=0100644, size=38300)
déc. 17 00:04:29 debian systemd-fsck[489]: HOME: clean, 5049/184736 files, 92880/734208 blocks
...
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: fsck.fat 4.2 (2021-01-31)
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: There are differences between boot sector and its backup.
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: This is mostly harmless. Differences: (offset:original/backup)
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]:   65:01/00
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]:   Not automatically fixing this.
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: Dirty bit is set. Fs was not properly unmounted and some data may be corrupt.
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]:  Automatically removing dirty bit.
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: *** Filesystem was changed ***
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: Writing changes.
déc. 17 00:04:30 debian systemd-fsck[571]: /dev/sda1: 193 files, 34599/98304 clusters
...
déc. 17 00:06:58 debian sddm-helper[1381]: Failed to write utmpx:  No such file or directory
...
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: libEGL warning: pci id for fd 7: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: pci id for fd 15: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: kmsro: driver missing
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: libEGL warning: egl: failed to create dri2 screen
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: pci id for fd 15: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: kmsro: driver missing
déc. 17 00:07:10 debian plasmashell[1650]: libEGL warning: egl: failed to create dri2 screen
...
déc. 17 00:07:11 debian kded6[1596]: QDBusObjectPath: invalid path "/modules/oom-notifier"
déc. 17 00:07:11 debian kded6[1596]: kf.dbusaddons: The kded module name "oom-notifier" is invalid!
...déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: QDBusObjectPath: invalid path "/modules/plasma-session-shortcuts"
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: kf.dbusaddons: The kded module name "plasma-session-shortcuts" is invalid!
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: QDBusObjectPath: invalid path "/modules/wpad-detector"
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: kf.dbusaddons: The kded module name "wpad-detector" is invalid!
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: org.kde.libkbolt: Failed to connect to Bolt manager DBus interface:
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: org.kde.bolt.kded: Couldn't connect to Bolt DBus daemon
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: org.kde.kameleon: found no RGB LED devices
déc. 17 00:07:12 debian kded6[1596]: org.kde.colorcorrectlocationupdater: Geolocator stopped
déc. 17 00:07:13 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.libtaskmanager: The PlasmaWindowManagement protocol hasn't activated in time. The client possibly got denied by kwin? Check kwin output.
...
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: file:///usr/share/plasma/plasmoids/org.kde.plasma.kickoff/contents/ui/main.qml:310:13: QML Image: Cannot open: file:///usr/share/plasma/plasmoids/org.kde.plasma.kickoff/contents/ui/start-here-kde-symbolic
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "preferred://browser" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.kontact.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "systemsettings.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.dolphin.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "ktp-contactlist.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.discover.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "preferred://browser" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.kontact.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "systemsettings.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.dolphin.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "ktp-contactlist.desktop" 0x5633d05c1aa0
déc. 17 00:07:22 debian plasmashell[1650]: org.kde.plasma.kicker: Entry is not valid "org.kde.discover.desktop" 0x5633d05c1aa0
...
déc. 17 00:07:30 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:30 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:30 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:07:30 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
déc. 17 00:07:34 debian kwin_wayland_wrapper[1472]: kwin_wayland_drm: The main thread was hanging temporarily!
déc. 17 00:07:36 debian kded6[1596]: Registering ":1.64/org/ayatana/NotificationItem/ibus_ui_gtk3" to system tray
déc. 17 00:07:37 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:37 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:37 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:07:37 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
déc. 17 00:07:42 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:42 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:42 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:07:42 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
...
déc. 17 00:07:48 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:48 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:07:48 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:07:48 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
...
déc. 17 00:08:16 debian systemsettings[2212]: libEGL warning: pci id for fd 16: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:08:16 debian systemsettings[2212]: pci id for fd 17: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:08:16 debian systemsettings[2212]: kmsro: driver missing
déc. 17 00:08:16 debian systemsettings[2212]: libEGL warning: egl: failed to create dri2 screen
déc. 17 00:08:17 debian systemsettings[2212]: pci id for fd 17: 80ee:beef, driver (null)
déc. 17 00:08:17 debian systemsettings[2212]: kmsro: driver missing
déc. 17 00:08:17 debian systemsettings[2212]: libEGL warning: egl: failed to create dri2 screen
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: qt.qml.typeregistration: Invalid QML element name "Hint"; value type names should begin with a lowercase letter
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: Failed to load vulkan: Impossible de charger la bibliothèque vulkan : vulkan: Ne peut ouvrir le fichier d'objet partagé: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: initInstance: No Vulkan library available
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: Failed to create platform Vulkan instance
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: Failed to create vulkan instance
déc. 17 00:08:19 debian systemsettings[2212]: GPU count mismatch (from vulkan). Are you maybe missing vulkan drivers? 0 1
...
éc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:08:24 debian dbus-daemon[865]: [system] Activating service name='org.kde.kinfocenter.dmidecode' requested by ':1.76' (uid=1000 pid=2212 comm="/usr/bin/systemsettings kcm_about-distro") (using servicehelper)
déc. 17 00:08:24 debian org.kde.kinfocenter.dmidecode[2246]: Detected locale "C" with character encoding "ANSI_X3.4-1968", which is not UTF-8.
                                                              Qt depends on a UTF-8 locale, and has switched to "C.UTF-8" instead.
                                                              If this causes problems, reconfigure your locale. See the locale(1) manual
                                                              for more information.
...
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: kpipewire_logging: Failed to create PipeWire context
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: received error while creating the stream "Impossible de créer un contexte pour PipeWire" Media monitor will not work.
déc. 17 00:08:21 debian plasmashell[1650]: pw.conf: can't load config client.conf: Aucun fichier ou dossier de ce nom
déc. 17 00:08:24 debian dbus-daemon[865]: [system] Activating service name='org.kde.kinfocenter.dmidecode' requested by ':1.76' (uid=1000 pid=2212 comm="/usr/bin/systemsettings kcm_about-distro") (using servicehelper)
déc. 17 00:08:24 debian org.kde.kinfocenter.dmidecode[2246]: Detected locale "C" with character encoding "ANSI_X3.4-1968", which is not UTF-8.
                                                              Qt depends on a UTF-8 locale, and has switched to "C.UTF-8" instead.
                                                              If this causes problems, reconfigure your locale. See the locale(1) manual
                                                              for more information.

Et en PJ l’extraction complète des logs à partir du démarrage de la VM.

Si quelqu’un trouve des indices intéressant dans cette jungle

export-logs-from-boot-20251216-rename.txt (220,6 Ko)