Alors le problême vient je pense d’un changement dans le nommage des disques.
Ton premier noyau devait avoir une dénommination du genre sda pour le disque debian et hda pour l’ubuntu (ou sdb si les deux sont en scsi ou sata), et aprés modif du noyau, le disque ubuntu a du passer en sda et l’autre se décaler en sdb ou un truc comme ça.
Il y a une profonde modification dans la gestion de l’ata sur les noyaux récents, et ça a des chances de venir de là.
Ca peut aussi venir du changement de l’ordre de chargement des modules gerant tes disques.
Ce qui est bizarre, c’est que normalement udev renomme les disques, me semble t il.
Comment sont branchés tes deux disques quand ils sont branchés ?
Qu’as tu comme /etc/fstab quand tu bootes debian ?
En fait il y a moyen de designer les disques dans /etc/fstab, soit par les labels, soit par les identifiants disques, qui permettent de s’affranchir de l’endroit ou tu branches ton disque de boot et de la manière dont sont branchés d’autres disques.
Mais il reste que le grub est à refaire chaque fois que tu enlèves ton ubuntu…