Ne supprime RIEN dans /etc/init.d !
La bonne manière de faire est de passer par update-rc.d qui va se charger d’enlever les liens dans les divers rcX.d qui pointent vers un script particulier de /etc/init.d.
Ou alors bien entendu, de supprimer carrément le paquet concerné (ce qui est souvent ce qu’on souhaite).
En fait, /etc/init.d est juste un endroit où sont stockés les scripts de démarrage / arrêt des divers services. C’est les liens qui sont présents dans /etc/rcX.d (X = de 0 à 6 et également S) qui démarrent réellement un service, et update-rc.d est conçu spécifiquement pour manipuler ces liens sans endommager le système (sauf bien sûr si tu t’amuses à supprimer un service vital, mais c’est une autre histoire).
Pour continuer ton analogie avec Windows, là il s’agit plus de la section “Services” (clic droit Poste de Travail -> Gérer) : update-rc.d sert à passer un service en démarrage automatique / manuel, mais tout comme sous Windows tu n’es pas censé pouvoir supprimer complètement un service toi-même (tu peux juste le désactiver, mais il reste installé). L’installation / désinstallation proprement dites d’un service dans le init.d (ou dans la section “services” de Windows) est la prérogative des programmes d’installation.
La grosse différence sous Linux, c’est que le système ne t’en empêche pas : root peut TOUT faire, même (et surtout) le pire. Mais c’est pas parce que tu peux que tu dois. 