Première chose : ne pas confondre codecs et conteneurs :
https://fr.wikipedia.org/wiki/Codec
https://fr.wikipedia.org/wiki/Format_conteneur
VOB est un conteneur, x264 est un codec, mais pas de chance, incompatible avec VOB.
Pour la gravure, qui est une autre histoire, Brasero, k3b plus complet mais plus lourd.
Pour les outils je séparerais conversion et découpage/montage.
Pour les conversions winff (dans les dépots) est un frontal de ffmpeg ou avconv (suivant celui qui est installé) très simple, et contient un grand nombre de conversions prédéfinies. Avec de l’expérience on peut rajouter ses propres règles de conversions.
Un autre outil très efficace : VLC, il sait convertir n’importe quoi en n’importe quoi (dans le domaine audio/video, bien sûr).
Pour montage et découpage les outils graphiques sont bien utiles ! Perso j’utilise
avidemux (pas dans les dépots, mais le logiciel empaqueté en appimage fonctionne très bien). Incroyablement simple à utiliser malgré des possibilités qui dépassent très largement ce que suggère son nom : manipuler les vidéos avi.
shotcut (un binaire qui n’a pas besoin d’être installé, il vient avec toutes ses dépendances), plus élaboré, donc plus complexe à utiliser.
Il y en a bien d’autres, question de goût et de besoins plus ou moins élaborés.
Les deux utilisent ffmpeg et savent donc faire en gros tout ce que sait faire ffmpeg.
Voir
https://www.ffmpeg.org/documentation.html