C’est le fonctionnement normal avec n’importe quel paquet, y compris un noyau (pas “le” noyau) qui n’est qu’un paquet comme les autres : lorsqu’un paquet est mis à jour, la nouvelle version remplace la précédente.
Cela ne se passe pas ainsi dans une version stable. Ce n’est que lors de la mise à niveau de la distribution vers la nouvelle version stable que le nouveau noyau est un nouveau paquet, et non une nouvelle version du même paquet, qui s’installe en plus du noyau existant.
Debian stable a fait le choix de conserver le même nom de paquet pour le noyau, même si le paquet est construit à partir d’une version légèrement différente des sources du noyau. Dans l’actuelle version stable Jessie, le paquet du noyau s’appelle toujours linux-image-3.16 même s’il est construit à partir de la version 3.16.x des sources. Dans la mesure où il ne s’agit que de corrections de bugs ne devant pas provoquer de régression ni de changement d’ABI, ce choix se justifie. D’autres distributions peuvent avoir fait un choix différent.
En revanche les versions testing et unstable reçoivent de nouveaux noyaux avec des noms différents, donc plusieurs noyaux peuvent cohabiter.