Powa
merci de m’avoir fait découvrir urxvt (pour mrxvt il n’y a apparemment pas le support de l’unicode donc j’ai abandonné). Et puis quand j’ai découvert en lisant le man qu’urvxt supporte le canal alpha pour la true transparency alors là… 
Allez je suis tellement content que je donne ma conf
Voici ce que j’ai pu tirer du man :
urxvt -depth 32 -bg rgba:0000/0000/0000/D800 -fg "[50]#3E8AAC" +sb -fn "xft:Monospace:pixelsize=11" -title "Powered by urxvt" -geometry "120x50"
il faut jouer sur l’option rgba pour la couleur du background et sa transparence (3 premiers champ en code hexa RVB et le canal alpha au dernier champ “D800”).
-fg c’est la couleur de la police et le [50] c’est le paramètre alpha 0-100
+sb pour enlever la scroll bar (car ça scrolle quand même avec la molette donc la scrollbar t’es bien gentille mais t’es un peu moche alors ciao
!!!)
-fn pour custo sa police xft
Bon par contre j’ai toujours mon problème initial, mais avec urxvt cela est beaucoup beaucoup plus rare qu’avec gnome-terminal !
Mais je crois plutôt que mon problème se situe au niveau de la gestion de la composite et que je devrais pouvoir régler ça dans mon xorg.conf (j’ai une nvidia)… Je vais chercher de ce coté là