Si. Dolphin utilise Konsole qui lui-même t’ouvre un bash (sauf évidemment si tu utilises un autre shell).
Ce qui t’enduit d’erreur c’est que l’historique n’est pas écrit dans .bash_history au fur et à mesure, mais uniquement quand tu fermes la session shell.
Pour ça il faudrait :
- quitter bash (commande exit obligatoirement dans Dolphin ; ça ne suffit pas de rappuyer sur la touche de raccourci ou de cliquer sur la croix pour masquer le shell car en réalité il reste actif en tâche de fond) => il écrit l’historique dans le fichier et celui-ci devient manipulable
- le rouvrir, appliquer ton script => le fichier d’historique est nettoyé mais bash a toujours ton ancien historique en mémoire
- quitter bash à nouveau => il ne rajoutera dans le fichier d’historique que les commandes de ta session, à savoir le nom de ton script de nettoyage et la commande exit
- le rouvrir => il recharge l’historique nettoyé en mémoire
Comme tu peux le voir c’est extrêmement simple mais particulièrement pénible.
Le mieux c’est de complètement contourner le problème : quand tu veux rappeler une commande, utilise Ctrl+R pour rechercher dans l’historique au lieu des touches de direction.
Ou sinon tu utilises Yakuake et tu fais les cd toi-même quand t’as besoin. 
Dernière alternative, tu t’assures que ta variable HISTCONTROL contient ou bien ignorespace ou ignoreboth, et tu modifies Dolphin pour qu’il envoie un " cd …" au lieu de “cd …” (note bien l’espace devant).
