Ce que je ne comprends pas, c’est pourquoi il n’était pas listé comme (hd1) par la commande ls du shell de GRUB (et du coup je n’ai pas pensé qu’il y pouvait y avoir un autre disque, sinon la résolution aurait été simple : il suffisait de booter sur l’autre disque). Il est totalement désactivé dans le BIOS (pas seulement dans les options de boot, mais dans les paramètres SATA) ?
Par contre ça explique pourquoi la core image de GRUB n’a pas été mise à jour sur sda : le paquet grub-pc est configuré pour l’écrire sur ce disque. Il faut corriger cela avec
dpkg-reconfigure grub-pc
et sélectionner le bon disque.
J’ai une mauvaise nouvelle : si GRUB a bien été écrit dans le MBR de ce disque, écrasant le secteur de boot de Windows, alors il n’est plus possible de lancer Windows depuis le BIOS. En fait l’amorçage sur ce disque lancera GRUB. Mais dans ce cas il devrait rester possible de lancer Windows depuis GRUB.
Tu peux vérifier le contenu du MBR avec
hd -n 512 /dev/sdb
en examinant les textes lisibles. Si ça mentionne « GRUB », c’est le secteur de boot écrit par GRUB.