Ce n’est propre ni à Debian ni à ton firmware UEFI : toute installation de Debian s’enregistre avec le même nom “debian” dans les variable d’amorçage EFI, écrasant un enregistrement précédent avec le même nom. Le problème est le même pour n’importe quelle distribution qui ne permet pas de spécifier le nom à enregistrer.
Pour éviter cela, il est possible d’installer GRUB EFI en le forçant à s’enregistrer avec un nom différent :
grub-install --bootloader-id="autre_nom"
Attention : Des versions précédentes effaçaient toutes les entrées d’amorçage EFI existantes dont le nom contenait “debian”. Je n’ai pas testé si c’est toujours le cas avec Stretch.
Mais personnellement, ce que je ferais sur un disque externe, c’est installer GRUB EFI dans le chemin de support amovible qui ne nécessite pas d’enregistrement :
grub-install --removable
et le lancer via le menu de démarrage UEFI, comme un installateur ou un système live.