Salut,
Dans le setup configures(repères les !!, ce sont les bons choix) comme suit:
Concurrent PCI/Host Activez !! pour que le bus CPU ne soit pas occupé constament par la période d’opération du port PCI
Video RAM Cacheable DesActivez !! pour stocker la mémoire vidéo en mémoire vive
AGP Aperture Size (MB) DesActivez !! pour attribuer au bus AGP une partie des plages d’adresses mémoire du PCI en accès direct
AGP-2X Mode DesActivation!! de l’AGP 2X (horloge 133MHz)
Plug and Play Aware O/S DesActivez !! pour permettre au BIOS d’initialiser les cartes PNP (pour WIN95/98/Me) Désactivez pour DOS et autre OS!
Primary Graphics Adapter Détermine si c’est le bus PCI /VGA !! ou le Bus/AGP(non non non!) qui est le premier adaptateur graphique en cas de double carte graphique ou activez AGP si vous n’avez qu’une seule carte video installée sur le bus AGP
Allocate IRQ to PCI VGA Activez!! pour assigner un IRQ pour le port PCI VGA si vous avez une carte vidéo PCI VGA
Tu peux aussi désactiver tous les périphériques dont tu ne te serviras pas. ex: port //, les ports séries…
Alors, la réponse à "comment désactiver un périphérique sous Linux ==> en fait, tu connais déjà la réponse… nom du module ==> blacklist. Module pas chargé = périphérique désactivé. Ou, compiler un noyau en “dur”(càd, modules inclus DANS le noyau sauf ceux que tu veux pas).
90% des problèmes hardwares sous Linux = module non chargé. Si tu parcours les post concernant des prob hardware, tu liras souvent des truc du genre: “Fais un lsmod | grep … et post le…” “le module xxx n’est pas chargé donc ta carte peut pas fonctionner”…
Il se peut que certains périphériques soit “apparent”(lspci par ex) dans ton système même si il ont été désactivé dans le BIOS(la pluspart des OS actuel contourne le BIOS)… Mais cela ne signifie pas qu’ils fonctionnent. Sans le bon module, ça peut pas marcher!
D’où la question: “A quoi sert le BIOS, alors?..” 
Il sert principalement au démarage(pûr hardware, le POST) et à lancer des routines “basic”( d’où Basic Input Output System, BIOS) permettant, entre autre, de trouver un périphérique dit “bootable”(HDD, floppy,…) d’aller chercher sur ce périphérique la table des partitions et ce qu’il faut pour booter l’OS(ds notre cas, GRUB = bootloader). Le tout se trouvant dans le MBR(les 512 premier Ko du HDD, floppy…). Master boot record = enregistrement maître de démarrage.
GRUB lui, cherche le noyau choisi dans le menu(au boot), le charge en mémoire, charge éventuellement des modules(mais pas obligatoire!! tout peut être intégré au noyau!!). Une foi le noyau et ses éventuels modules chargés, ce sont eux qui prennent en charge le hardware, plus le BIOS. 
En ce qui concerne, la maj du BIOS. Je crois qu’il serait préférable de laisser celà de côté comme ultime nécéssité. Si ça foire, carte mère ======> POUBELLE!
C’est une manip délicate mais qui semble simple de l’extérieur. En effet la manip en elle même n’as rien de bien complx, par contre la bonne mise en condition pour la réaliser, elle, c’est une autre histoire. Dans certain, je pense à la màj de firmware de graveur de dvd ou de contrôleur scsi, il vaut mieut avoir bien lû la doc avant!
Un dernier truc. Lorsque les choses se compliquent, il vaut mieu mettre le stric minimum dans la machine(CPU
RAM
alim
carte vga
) avant ce qui est secondaire(carte sons, réseau…).
Evidement, ici, le truc, c’est que c’est un des élément du “minimum” qui pose problème… Aaaaaah! Ca me rappelle l’époque où j’ai appris tout ça. A la dur Monsieur, à la dur
Il est vrai que le matos actuel simplifie la vie. Enfin, la pluspart du temps… 
A+