Suite à un autre problème, j’ai eu à observer attentivement le fonctionnement de mon ordi (j’ai un temps soupçonné GTK3, manifestement à tort) et… j’ai découvert que je tournais sous Wayland !
$ echo $XDG_SESSION_TYPE
wayland
Comme un monsieur Jourdain contemporain, j’utilisais donc Wayland sans le savoir. Je n’y comprends rien : si au moment de la connexion je sélectionne « Gnome sous Wayland », ça plante. Mais sélectionner Gnome tout seul revient à démarrer sous Wayland ! 
J’ai plus qu’à apprendre comment ce truc fonctionne pour que mes applis au démarrage se rangent à nouveau sur leurs bureaux dédiés !